Federigo adesso temendo che il suo credito non diminuisse in Lombardia, vi torna con buono esercito, e dopo di avere ad avventuroso fine condotte alcune imprese, assedia Faenza. Qui fu che mancatigli i danari mise in corso monete di cuoio, le quali in séguito, con raro esempio di fede, riscosse pel prezzo di un agostaro l'una, senza apportare il minimo scapito ai possessori. Guglielmo Ubbriachi Ammiraglio dei Genovesi imbarcava i prelati francesi riunitisi in Nizza all'oggetto di portarsi al Concilio. Federigo manda tosto il figlio Enzo o Giovanni colla flotta siciliana per collegarsi a quella dei Pisani, capitanata da Ugolino Buzzaccherini dei Sismondi, e muoversi contro la genovese. S'incontravano il 3 maggio 1241 le due armate nemiche tra il Giglio e la Meloria, e ne seguiva una fiera battaglia, nella quale i Genovesi furono disfatti, ed ebbero diciannove galere prese, e tre cacciate a fondo. I prelati si mandarono nelle prigioni di Puglia, dove si racconta che fossero legati con catene di argento. Ricchissima raccolsero la preda: la fama riporta che i Pisani e i Siciliani si dividessero a moggia il danaro. Come se poi questa ingiuria fosse poca, tanto si adoperò Federigo, che fece ribellare alla Chiesa Giovanni Colonna Cardinale di Santa Prassede, il quale condusse seco nella rivolta i castelli di Colonna, Lagosta, Palestina, Monticello, e più altri. Gregorio IX profondamente angustiato nell'animo, non potendo più comportare tanto acerbo dolore, moriva. Ora non è da dirsi a qual punto si sollevasse la superbia dello Imperatore.