ricevuto o speri ricevere da lui, ma perchè sempre l'ho conosciuto uomo dabbene e bonissimo, e se mai lo ebbi tale, in questa sua afflizione, ch'è delle gravi che possono accadere ad un uomo, perchè si perde la roba, l'onore e quasi la vita, finisco di certificarmi che Dio è con lui e lo governa e lo consola e lo fortifica, chè altrimenti non potrebbe tollerare questo colpo mortalissimo con tanta costanza di animo e quasi con ilarità come con effetto tollera. Si è ritirato in casa, che fa conto gli sia una onesta carcere: conversa co' suoi libri e coi suoi pensieri per la maggior parte divini e vôlti alle cose dell'altra vita, di maniera che, in questa persecuzione che lo priva della conversazione degli uomini, l'assuefarà a conversare con gli angioli, e così verrà a trarsi altro frutto di questo suo esilio di quello che dal suo trasse Boezio o qualsivoglia altro filosofo, perchè altra consolazione si trova nella filosofia cristiana che nella umana."
      Fra Michele inquisitore a nome di Paolo IV citò il Carnesecchi a Roma, ed egli mantenendosi contumace, senz'altra indagine venne scomunicato il 5 aprile 1559; come a Dio piacque, a Paolo successe Giovannangelo dei Medici col titolo di Pio IV, il quale sendogli amico, lo ebbe tosto ribenedetto dichiarandolo buon cattolico ed obbediente alla Chiesa. Allora, punto dal desiderio del natio luogo o nello intento di porsi al riparo di più sicuro asilo, il Carnesecchi da Padova si trasferì a dimorare a Firenze, dove visse in pace onorato da tutti e caro, come credeva, a Cosimo fino alla esaltazione di Pio V; in quel torno, senza che il Carnesecchi se ne addasse, una terribile procella si affoltò sopra di lui.