Il frate andò a dolersene più volte col cardinale Triulzio, ch'era qui legato, e trovando che non ne faceva caso perchè amicissimo di monsignore, disse che troverebbe il modo di rovinarlo. E domandato dal cardinale quello che pensava fare, rispose che la inquisizione era aperta, e che a monsignore, parlando seco, era scappata di bocca non so qual parola sopra un passo di santo Agostino che sentiva dello eretico, ed insomma troviamo che questo frataccio ha suscitata questa persecuzione." E questo fatto sarà stato argomento per Cosimo di vendicarsi del frate, ma nol fu per salvare il misero Carnesecchi; la seconda causa si desume da certa lettera scritta dal Babbi oratore toscano al duca Cosimo: "Mi disse iersera il governatore di Roma che il Carnesecchi porta gran pericolo di vita, sebbene il processo suo non è ancora maturo, ed ha un gran bisogno di aiuto: quando campi la vita, sarà murato in luogo che non si rivedrà, più essendosi trovate fra le sue scritture minute di lettere che scriveva pel mondo quando fu creato questo buon papa, detestando questa santa elezione e dicendo molto male di lui e di tutto il collegio."
      E preti e donne non perdonano mai, costumava dire il cardinale di Richelieu, che se ne intendeva. Trentaquattro furono gli errori imputatigli (e quello che per avventura lo condusse a morte si tacque); affinchè uomo conosca per quali cause trecento anni fa Roma ardeva, strangolava, arrotava, mazzolava e squartava le creature umane, io li vo' riferire: "L'uomo con la fede sola si giustifica; fede, e non opere, necessaria alla salute eterna; facile però all'uomo graziato della fede compire opere buone: quantunque inani alla salvazione dell'anima, le buone opere otterranno maggior grado di gloria: per natura inclinati al male e, avanti la grazia, al peccato: arduo ed impossibile, senza grazia di Dio, copia di fede e di speranza, osservare il decalogo, massime i due primi precetti di quello.