Impertanto venne di Lombardia a prenderlo il bargello con due squadre di sbirri; i Lucchesi lo mandarono guardato da una compagnia di milizia ai confini; colà trovarono il notaro ser Francesco Pauli, che a richiesta del commissario lucchese rogò atto pubblico di consegna; il quale il bargello lombardo ebbe a segnare prima che in sue mani depositassero Francesco nostro. Senza impedimento che ne importunasse il cammino, arrivato a Milano, fu messo in onesta carcere in castello, concedendogli fino dal primo giorno facoltà di moversi liberamente pei piazzali, ma, quasi in contrasto alla non bieca accoglienza, dopo pochi giorni gli fu letta la sentenza con la quale veniva condannato nel capo lui e Giovambattista Carletti, che insieme con esso era stato tradotto a Milano. Per quanto è dato giudicare, sembra che lo imperatore adoperasse a quel modo per sottrarsi alle molestie di Cosimo, pensando che smettesse ogni pensiero su lui, come uomo ormai sfidato e morto.
      Gli amici e i parenti del Burlamacchi, commossi dal pericolo di quel caro capo, tutti si posero a tentare qualunque via per salvarlo: ora vedremo come nulla per loro si pretermettesse e come nulla o per malvolere degli uomini o per disdetta di fortuna approdasse. Da prima a bene sperare furono cagione le parole confortevoli di don Ferrante Gonzaga, a cui essendo stato indiritto messere Domenico Sandonini per propiziarlo alla causa del Burlamacchi, n'ebbe in risposta: quetassero l'animo agitato, però che il dabbene uomo rimarrebbe per alcun tempo e forse lungo prigione, ma camperebbe la vita; nè si fermarono a questo gli amorevoli ed i congiunti di Francesco, chè supplicarono il consiglio di Lucca a fare loro abilità di sottomettere memoriali a S. M. lo imperatore ed al duca Cosimo affinchè volessero graziare il reo della vita, attesochè avesse cotesto fallo commesso più per ignoranza che per malignità e nulla mandato ad esecuzione, onde i suoi concetti si riducevano a meri sogni ed a immaginazioni senza danno pubblico nè privato.