L'oppugnazione fatta al Magnano, per combattere poi la terra eziandio per mare, riusciva di poco frutto, per esservi munito in modo che l'artiglierie poco offendevano, e quegli di dentro spesso uscivano fuora a scaramucciare. Ma era destinato che la speranza cominciata col favore de' venti avesse col beneficio pure de' venti la sua perfezione; perché levatosi uno temporale gagliardo conquassò in modo l'armata che la nave grimalda genovese, che aveva portata la persona di Cesare, combattuta lungamente da' venti, andò a traverso, dirimpetto alla rocca nuova di Livorno, con tutti gli uomini e artiglierie che vi erano sopra, e il medesimo feceno alla punta di verso Santo Iacopo due galee venete; e gli altri legni dispersi in vari luoghi patirno tanto che non furno piú utili per la impresa presente: per il quale caso ricuperorono quegli di dentro il galeone, venuto prima in potestà degl'inimici.
      Per il naufragio dell'armata ritornò Cesare a Pisa; dove, dopo molte consulte, diffidandosi per tutti di potere piú pigliare Livorno, si deliberò di levarne il campo e fare la guerra da altra parte. Però Cesare andò a Vico Pisano, e fatto ordinare uno ponte sopra Arno tra Cascina e Vico e uno sopra il Cilecchio, quando si credeva dovesse passare, partitosi allo improviso se ne ritornò per terra verso Milano; non avendo fatto altro progresso in Toscana che avere saccheggiato, quattrocento cavalli de' suoi, Borgheri castello ignobile nella Maremma di Pisa. Scusava questa subita partita per accrescersegli continuamente le difficoltà, non si sodisfacendo alle sue spesse dimande di nuovi danari, né consentendo i proveditori veneti che la maggiore parte delle genti loro uscisse piú di Pisa per sospetto conceputo di lui, né gli avevano i viniziani pagato interamente la porzione de' sessantamila ducati; onde, lodandosi molto del duca di Milano, si lamentava gravemente di loro.