Poco dopo ripartì per la Germania, l'Olanda e la Francia, tornandone così scoraggiato dei maggiori sussidii di cui si giovavano quei pittori e della perfezione per cui in tante parti superavano i nostri, che stette un pezzo senza ripigliar pennello. Intanto le sue lotte con l'Istituto si facevano sempre più vive: da lui accorrevano a frotte i giovani di buona volontà per averne indirizzo e consiglio: ed egli quanto più era avaro a sè stesso dell'opera sua, tanto più si prodigava a tutti, inventando per essi, ammaestrando e correggendo, mentre co' viaggi, con gli studii, coi consigli artistici del Palizzi, veniva sempre più alimentando la sua lunga ricerca sull'ottimo in pittura.
      Ottenne verso il '57 per concorso coi suoi bozzetti l'incarico di dipingere la chiesa gotica di San Francesco, a cui si lavorava allora a Gaeta. In questi anni dipinse anche una scena de' Vespri siciliani, e fece un nuovo viaggio a Firenze dove rimase nove mesi.
      Vennero il '60 e il '61, ed il Morelli disgustato delle lotte con l'Istituto, di cui non volle accettare la direzione, preferì entrare nella privata Società Promotrice, che con l'aiuto dei più valenti giovani napoletani aprì le sue sale e chiuse l'èra delle mostre dell'Istituto. D'allora la pittura napoletana appare a tutti di gran lunga mutata e progredita, e il lungo voto del Morelli, pensoso sempre più dell'arte e della gioventù che di sè, si può dire in gran parte adempiuto.
      Nel '61 egli stette molti mesi a Milano dove dipinse il Conte Lara e il Bagno Pompeiano che l'han fatto conoscere direttamente anche in quella parte d'Italia.