Al tempo dell'invasione francese in Egitto, apprezzatissimo da quel grande conoscitore degli uomini che era Napoleone Bonaparte, rese segnalati servizi al corpo di spedizione ed al generale in capo. Ciò valse oggi alla sua famiglia la protezione del governo francese data da Napoleone III in memoria degli antichi servizi: ma allora quei servizi compromisero gravemente Giovanni Pini, quando i Francesi lasciarono l'Egitto: in quel paese esposto alle rappresaglie ed alle vendette rese più feroci dal fanatismo religioso, egli si trovò mal sicuro, anzi in pericolo; onde s'appigliò al partito d'abbandonare l'Egitto, e venne colla famiglia in Venezia, proseguendo quivi il commercio, che dapprima fu prospero, ma poi, per le vicende dei tempi, e sopratutto pel blocco continentale, sofferse rovesci e ridusse a ben poco l'aver suo. Giovanni Pini era venuto in Venezia con tre figliuoli; altri tre gli nacquero in questa città: due femmine ed un maschio, che fu appunto il Francesco Pini-Bey di cui parliamo. Egli nacque il giorno 21 aprile dell'anno 1809 nel palazzo Contarini a Santo Eustachio.
      Nel 1811 suo padre e sua madre ritornarono in Egitto, rimanendo egli col resto della famiglia in Venezia, ove suo zio (Antonio Pini) se lo associò nella direzione e gestione della casa di commercio.
      Nel tratto di tempo che passò in Venezia, Francesco Pini diede opera con molta intensità di volere e felicità d'ingegno agli studi: un suo maestro, dotto sacerdote, don Domenico Bazzana, pievano di San Cassiano, che l'ebbe discepolo dai sei agli undici anni, ricordava spesso con ammirazione la mente svegliata di lui, ma sovratutto la costanza nell'applicazione, e la straordinaria energia del volere.