I prelati ai quali dalla Commissione Ecclesiastica era stata affidata la cura della diocesi di Londra, lo citarono dinanzi a loro nelle stanze del Capitolo della Cattedrale di San Paolo. Il modo onde egli subì la ceremonia, fece profonda impressione nell'animo di molti. Mentre lo spogliavano degli abiti sacerdotali, esclamò: "Voi mi private dell'abito sacro, perchè mi sono studiato di tenervi addosso il vostro." L'unica formalità che parve contristarlo, fu l'avergli strappato dalle mani la Bibbia. Lottò debolmente perchè non gliela togliessero, la baciò e diede in uno scoppio di pianto. "Voi non potete" disse egli "privarmi delle speranze che io debbo a quel libro santo." Tentossi di ottenere che gli fosse perdonata la fustigazione. Un sacerdote cattolico romano, a cui fu fatta la promessa di duecento lire sterline, s'offerse d'intercedere per lui. Fu fatta una colletta, e raccolta la somma; e il prete fece ogni possibile sforzo, ma invano. "Il signore Johnson" rispose il Re "ha lo spirito d'un martire; ed è giusto che divenga tale." Guglielmo III, pochi anni dopo, disse d'uno de' più arrabbiati e imperterriti Giacomiti: "Egli s'è fitta in cuore la voglia d'essere martire, ed io mi son fitto in capo di privarlo della gloria del martirio." Questi due detti basterebbero soli a spiegare lo differentissime sorti di quei due Principi.
      Giunse il dì stabilito per la fustigazione. Fu adoperato un flagello di nove funi. Trecento diciassette furono i colpi; ma il paziente non fe' motto.