Certe [96] proposizioni, che avanzò nelle sue lezioni, circa la giustificazione per mezzo della fede, ed altre quistioni allora agitate, incontrarono dell'opposizione per parte di Cornelio, professore di metafisica, il quale rimanendo compiutamente battuto in una pubblica disputa, che fra loro insorse, portò un'accusa d'eresia contro il suo avversario, e lo fece citare a Roma. Mollio si difese con tanta abilità e destrezza, che i giudici destinati da Paolo III per l'esame della causa, furono costretti a metterlo in libertà, dichiarando, che le opinioni, da lui sostenute erano vere, sebbene tali da non poter essere allora pubblicamente insegnate senza pregiudizio della Sede Apostolica. Fu dunque rimandato a Bologna, ammonito di astenersi in futuro dallo spiegare le Epistole di S. Paolo; ma, continuando, come prima, ad insegnare le stesse dottrine, ed anche con maggiore applauso de' suoi ascoltanti, il cardinal Campeggio procurò dal papa un'ordine di ritirarlo dall'università (151).
      Lo stato de' sentimenti religiosi de' Bolognesi è dipinto in una lettera veramente singolare per lo stile, e per la materia; diretta da alcuni di quella città a Giovanni Planitz, che era venuto in Italia ambasciatore dell'elettore di Sassonia presso Carlo V. Dopo aver parlato della voce sparsa, che lo annunziava venuto a pregare l'imperatore perchè facesse uso della sua influenza [97] col papa per risolverlo a convocare un concilio per la riforma della Chiesa, oggetto già da tanto tempo, e tanto ardentemente desiderato da tutti gli uomini dabbene, proseguono così: "Se questo è vero, come noi confidiamo che sia, rendiamo grazie a voi tutti: a voi per aver visitato questa Terra Babilonica, - alla Germania per la domanda del concilio,- e specialmente al vostro principe evangelico, che ha assunta la difesa del Vangelo, e di tutti i fedeli con tanto ardore, che non contento di ristabilire la grazia, e la libertà di Cristo alla sua Sassonia, e alla Germania, procura di estendere le stesse benedizioni, all'Inghilterra, alla Francia, alla Spagna all'Italia, e a tutte le chiese degli altri paesi.