Egli morì nel 1540 amaramente compianto da molti distinti personaggi, che si recavano ad onore di chiamarlo il loro padre spirituale. "Vorrei, che fossimo di nuovo a Napoli (dice Bonfadio in una lettera a Carnesecchi); ma quando rifletto meglio a questo stesso desiderio, dico: A che oggetto vi anderemmo noi, [140] ora che Valdes non è più? Oh Dio! che la sua morte è una gran perdita per noi, e per tutto il mondo! poichè Valdes era uno degli uomini i più rari dell'Europa, come dimostrano gli scritti da lui lasciati sull'Epistole di S. Paolo, e sui salmi di David (214). Egli era, senza questione alcuna, l'uomo più perfetto in tutte le sue parole, azioni e consigli. Il suo corpo estenuato, e infermo poteva appena tenersi ritto; ma la sua parte, più nobile e più pura, l'intelletto, come se fosse stato fuori di quella macchina, era interamente occupato nella contemplazione della verità, e delle cose divine. Io mi condolgo con Marc'Antonio (Flaminio), che sopra tutti gli altri l'amava, e l'ammirava" (215). La fervida pietà di Valdes, e l'estrema purità della sua vita sono a tutti note. La taccia di sentimenti eterodossi, appostagli dopo la sua morte, poggia principalmente sul principio questionabilissimo, che, cioè, alcuni di quei, ch'erano stati suoi confidenti, inclinarono finalmente alla setta denominata sociniani; dico questionabilissimo, perchè non si può sostenere, che le [141] loro opinioni si trovino ne' suoi scritti, i quali, lo confessiamo, contengono alcune massime non difensibili e troppo liberamente esposte.