In conseguenza papa Paolo III fondò a Roma il tribunale del santo Offizio, con una bolla del 1 aprile 1543, la quale accordò il titolo, e i diritti d'inquisitor generale della fede a sei cardinali, e conferì loro l'autorità, di giudicar le eresie, con la facoltà di arrestare, e carcerare tutte le persone sospette, e i loro fautori di qualunque stato, o grado, di nominare officiali da loro dipendenti, e di erigere tribunali subalterni in tutti i luoghi, con eguali, o più limitati poteri (345).
      Questa corte cominciò immediatamente le sue operazioni dentro gli stati papali, e il grande scopo dei papi, in tutto il resto di quel secolo, fu sempre di estendere il loro potere in tutta l'Italia. Il senato di Venezia non volle accordare, che si erigesse nei loro stati alcun tribunale dell'Inquisizione; peraltro acconsenti che inquisitori prendessero la direzione dei processi [229] sull'eresia, proibendo loro di pronunciare sentenza definitiva, almeno nei casi de' secolari, e facendo in guisa che certi magistrati, e avvocati fossero sempre presenti in tali occasioni, per esaminare i testimonj, e proteggere i cittadini della repubblica contro l'ingiustizia, e l'avarizia nascosta sotto il manto di zelo per la religione (346). Negli altri stati d'Italia i papi trovarono meno opposizione. Nei luoghi, dove non poteva loro riuscire di eriggere un tribunale locale, ottennero il permesso d'impiegare i loro agenti segreti nella ricerca di persone sospette, e di mandare gli accusati a Roma per essere esaminati dall'inquisizione, specialmente se fossero ecclesiastici, o forestieri.