Nell'anno 1552 tornò in patria confermato nelle sue opinioni dai rapporti avuti coi protestanti oltramontani(472), e fissò la sua [325] dimora a Padova nello stato Veneto, perchè ivi era meno esposto ai pericoli, e agl'intrighi della corte romana, e poteva godere della società di quei, che professavano gli stessi suoi sentimenti religiosi. Non era molto, che Paolo IV era asceso al trono quando fu istruito contro di lui un processo criminale. Siccome non volle assoggettarsi all'arbitrio di quel papa furioso venne formalmente citato a Roma, e a Venezia dove non comparve nel termine prescritto, e fu perciò fulminata contro di lui la sentenza di scomunica, in forza di cui fu consegnato al braccio secolare per essere punito, quando fosse preso, come un'eretico contumace (473). Quando Giovanni Angelo de' Medici ascese alla cattedra di San Pietro col nome di Pio IV, Carnesecchi, che aveva vissuto tanto tempo nella più stretta amicizia con la famiglia di questo pontefice, ottenne da lui la cessazione di quella sentenza, senza essere ricercato di fare alcuna abjura delle sue opinioni. Gli scrittori papisti si lagnano, che, nonostante questi reiterati favori, conservava pure la sua corrispondenza cogli eretici di Napoli, Roma, Firenze, Venezia,[326] Padova, e di altri luoghi sì dentro che fuori d'Italia; che soccorresse con denaro Pietro Celio, eretico sacramentario, Leone Marionio, ed altri, che erano andati a Ginevra, e che raccomandasse le opere dei luterani, mentre parlava con disprezzo di quelle dei cattolici.