[Ritorno da Roma. Discordie nell'ordine]
     
      Ma ritornando al filo, ritornato da Roma alla sua quiete et a' suoi studii, tornò anco alle sue conversazioni virtuose, e tutto il tempo che gl'avanzava da' divini offizii (ne' quali tutto 'l tempo di sua vita fu sempre assiduo, quando da' publici negozii non era impedito, non tralasciando però le sue divozioni private) lo spendeva ne' libri. Scrisse in quel tempo alcuni suoi pensieri naturali, metafisici e matematici, i quali dopo rivedendo, non ne faceva stima, e soleva dire: "Oh! che puerizie mi passavano per la mente". Et io son ben sicuro che vedendogli gl'uomini dotti, non le stimaranno puerizie.
      Lo distrasse della sua quiete un accidente avvenuto nella religione. Era l'inclinazione et espettazione della religione che fosse fatto generale un milanese, ch'aveva il favore de' principali et era stimato meritevole. Ma il granduca di Toscana si pose al forte, e con la sua potenza in Roma fece crear generale un bolognese, nativo da Budri, chiamato maestro Gioanni Battista Libranzio, lettor in Pisa della metafisica. Egli era veramente un uomo di gran dottrina e bontà, ma ne' governi non cosí abile com'avrebbe convenuto a sostener quel carico in tempo di grosse fazzioni e mal contente. In breve tempo volarono tanti memoriali a Roma delle sue semplicità e delitti de' suoi compagni, ch'a lui s'attribuivano, che mancatogli il favore per la morte del granduca Francesco, successa 1587, Sisto V, cosí desiderando anco Santa Severina protettore, che mal volentieri s'era condotto a favorirlo al generalato, perché inclinava ad altro soggetto, risolse che le sue cause fossero vedute.