– Ne perse la cattedra nel 1850; il governo sassone destituì il Mommsen e i due suoi amici, che al par di lui avevano per la libertà parteggiato.
      Esule, fu accolto nel 1852 dalla università di Zurigo, dove tenne per circa due anni lo stesso insegnamento del diritto romano. Questa sua dimora a Zurigo gli dette occasione di esercitare in un nuovo campo le sue ricerche epigrafiche; per il primo raccolse in quegli anni le antiche iscrizioni elvetiche.
      Tornata la calma negli animi, e attenuati alquanto i ricordi della passate vicende, il governo prussiano lo chiamò nel 1854 a insegnare diritto nell'università di Breslavia, di dove passò nel 1858 a insegnare storia antica presso la facoltà filologica di Berlino. Da Berlino non si mosse più fina al termine della sua vita, avendo ricusato nel 1876 l'offerta di una cattedra fattagli dall'università di Lipsia, quasi per ammenda dell'espulsione soffertavi. Ed in Berlino egli non solo spiegò la sua attività d'insegnante, ma anche quella di accademico, sapendo dare come segretario di quell'Accademia delle scienze uno straordinario impulso all'opera di essa.
      Alla vita pubblica prese poi sempre parte e fu deputato alla camera prussiana dal 1873 al 1882, e al Reichstag dal 1881 al 1884. Tutti ricordano il suo aspro conflitto col principe di Bismarck. Consapevole della propria grandezza intellettuale e morale – che non nascose mai, a sè, nè agli altri – egli levò nelle più gravi vicende internazionali la sua voce solenne di consiglio e di ammonimento; tutti noi ricordiamo la sua lettera agli Italiani, scritta nel 1870 per dissuaderci dal portare il nostro soccorso alla Francia, e per stringerci nell'alleanza germanica; e l'altra così recente agli Inglesi per indurli del pari a mantenersi in migliore armonia coi tedeschi.