Raccomandato caldamente dal Dr. Henslow, suo professore di botanica a Cambridge, egli poté vedere appagato il suo desiderio, e addì 27 dicembre 1831 col capitano Fitzroy salpava dalle sponde dell'Atlantico.
      Il viaggio della Beagle durò quasi cinque anni, e resterà memorabile negli annali del pensiero umano per l'influenza che esercitò sulle convinzioni scientifiche del Darwin e per l'indirizzo che esso diede ai suoi studii. Conviene infatti ritornare indietro di mezzo secolo per comprendere in quale stato d'animo il giovane naturalista intraprendeva quella lunga escursione nei mari e nelle regioni dell'America australe, e con quali dubbii sulla natura delle specie organizzate egli fosse uscito dall'aule universitarie. Non erano ancora scorsi due anni da quella memorabile discussione tenuta nel solenne recinto dell'Accademia francese, a proposito dell'origine delle specie, tra il Cuvier e il Geoffroy-Saint-Hilaire; il primo parlando a nome della scuola classica ed ortodossa in favore della immutabilità e fissità delle specie, il secondo a nome del libero pensiero e a difesa del Lamarck in appoggio alla dottrina della loro variabilità e trasformazione. Quella lotta titanica, in cui erano impegnate le sorti di tutta la filosofia, aveva occupato l'Europa scientifica; e si sa che il Goethe, sebbene ottuagenario, si era commosso assai più alla lettura dei discorsi dei due celebri accademici che alla notizia delle prime avvisaglie della rivoluzione del luglio. Dal 22 febbraio al 19 luglio del 1830 le sale sempre serene e pacate dell'Istituto francese avevano assistito al nuovo spettacolo d'una discussione accanita, talora anche troppo accalorata, tra i rappresentanti delle due scuole.