Ma allora ei non potè render conto del come una tal forma primitiva si fosse adattata, trasformandosi, a condizioni di vita così differenti: fu solo alcuni anni dopo, e nel suo tranquillo eremo di Beckenham-Down, che meditando a lungo sul grave problema, studiando le variazioni indotte dall'addomesticamento negli animali e nelle piante, e applicando alla intera natura vivente il principio della popolazione scoperto dal Malthus, il Darwin potè arrivare ai due concetti fondamentali della lotta per l'esistenza e della elezione naturale.
      La Beagle, dopo avere esplorato quasi tutte le coste della Patagonia, le isole Falkland, le Chiloe, le Galapagos, e i più importanti arcipelaghi dell'Oceano Pacifico, toccò l'Australia, e pel Mar di Banda e l'Oceano Indiano veleggiò verso occidente, visitando l'Isola Maurizio, S. Elena, le Azorre e finalmente rimpatriando nell'ottobre del 1836. Convien credere che già durante la traversata del ritorno Carlo Darwin imprendesse ad ordinare il materiale scientifico raccolto e a trascrivere le sue note; poiché nella già citata lettera allo Zacharias egli scriveva che nell'autunno del 1836, preparando la pubblicazione del suo giornale di viaggio, avvertì il numero ingente ed il valore delle prove che militavano in favore dell'origine comune delle specie. Nullameno i suoi dubbii e quelle prove non gli parvero sufficienti per formulare dapprima alcun concetto generale, e promettendo a se medesimo di rivolgere fin d'allora i suoi studii alla soluzione dell'arduo quesito, si chiuse in completo silenzio che ei mantenne per circa venticinque anni, cioè fino al dicembre del 1859.