Il Darwin risolse il problema, invocando, oltre all'attività dei polipi costruttori del corallo, l'innalzamento e l'abbassamento del fondo del mare, con che si illuminavano anche le differenze di conformazione fra le varie isole madreporiche. Questa spiegazione si basava sull'intervento delle cause naturali più semplici, e si collegava così strettamente colle teorie geologiche evoluzionistiche del Lyell che ne costituì fin dapprima una delle prove più sicure. Le ricerche ulteriori di Jukes, Dana e Semper, Agassiz, Pourtalés, D'Archiac non hanno fatto che confermarla, eliminando del tutto la vecchia teoria dell'origine vulcanica degli atolli. Al Darwin spetta pure il merito d'aver dimostrato, in accordo coi concetti lyelliani, che le Ande si sono prodotte per una serie successiva di terremoti. Ma ciò che questi studii geologici gli fruttarono di più importante per rispetto allo sviluppo sintetico della teoria trasformistica, fu la convinzione dell'enorme lunghezza dei periodi od epoche passate della terra: giacché fin d'allora tutte le osservazioni su argomenti speciali venivano a poco a poco prendendo posto nella sua mente, come materiali del grande edifizio futuro.
      Il rapporto ufficiale sul viaggio della Beagle edito nel 1840 per cura del Fitzroy contiene anche la descrizione delle specie zoologiche raccolte dal Darwin, che venne fatta sotto la sua direzione. Nelle memorie sui Pesci e sui Rettili nulla spetta propriamente al Darwin, e i Mammiferi fossili furono descritti dall'Owen, i viventi dal Waterhouse: ma il Darwin premise ai primi una introduzione geologica, ai secondi una introduzione geografica, trattando così le questioni generali più ardue.