Nell'altra memoria egli descrisse fra i primi la conformazione e lo sviluppo della Sagitta, un curioso intermediario fra i Molluschi e gli Anellidi. Ma il valore del Darwin come zoologo non si dimostrò apertamente che nella celebre monografia dei Cirripedi, di cui la prima parte comparve nel 1851, e che nel suo assieme costituisce un trattato magistrale, un modello perfetto di descrizione zoologica sistematica, un'opera insomma che nessuno prima di lui aveva tentato e che, a giudizio del Quatrefages, era tale da colmare una grave lacuna della scienza. Questo lavoro insigne comprende in due grossi volumi lo studio dei Cirripedi viventi, cioè dei Lepadidi (400 pagine) e dei Balanidi (684 pagine): e fu completato solo nel 1854 con un volume sui Cirripedi fossili, in cui si descrivono oltre ai Lepadidi ed ai Balanidi anche i Verrucidi, e si dimostra la grande ed eletta erudizione del Darwin nella paleontologia. Le pubblicazioni furono fatte a spese della Società paleontologica e della Società di Ray, quando il loro autore era conosciuto soltanto pel viaggio della Beagle: il che prova la stima che già godeva il Darwin fra gli scienziati inglesi e l'importanza delle sue ricerche, per le quali la stessa Società Reale, il corpo scientifico più reputato del Regno Unito, gli decretava nel 1853 la grande medaglia d'oro. Ma io debbo aggiungere che questo lavoro sui Cirripedi deve avere sospinto sempre più il Darwin nel formulare nettamente a se stesso la soluzione del grande problema di tutta la sua vita: egli ebbe modo di apprezzare con esso il valore delle classificazioni sistematiche, di comprendere la poca saldezza del concetto cuvieriano del genere e della specie, infine di rafforzare la propria esperienza pratica intorno alle modificazioni naturali delle forme animali, sia secondo le epoche geologiche, sia secondo le condizioni di vita.