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Non sempre la distinzione dei cosiddetti «gruppi naturali» era possibile: le specie descritte come nuove venivano a cacciarsi talora negli interstizii artificiosi fra un gruppo e l'altro e, con grande meraviglia degli ingenui e sdegno degli ortodossi, parevano riempirli e togliere per ogni volta la speranza di mantenere i limiti specifici delle forme. Poi le scoperte sulle faune e flore dei paesi poco conosciuti: indi le ricerche sulle faune fossili accrescevano le incertezze e seminavano i dubbi. Si riconobbe ben presto che non esisteva alcun criterio assoluto per la determinazione delle specie, dei generi e persino dei gruppi superiori: lo stesso criterio fisiologico della infeconditą tra specie diverse e sterilitą degli ibridi, attinto dalla aborrita biologia generale, non serviva per tutti i casi, e gli oppositori delle dottrine ortodosse, i fautori dell'origine naturale delle specie, i naturalisti filosofi che s'erano tramandato di generazione in generazione, come fuoco sacro, il concetto fondamentale della teoria dell'evoluzione, crescevano di numero, ingagliardivano i loro sforzi, e minacciavano d'ogni parte il crollante edifizio delle vecchie dottrine. Il malessere generale e l'incertezza che pervadevano in tutti i rami delle scienze naturali, dalla geologia alla morfologia comparata, dalla paleontologia alla biologia generale, derivavano da una causa sola: dalla mancanza d'un legame che riunisse i fatti del mondo organico a quelli del mondo inorganico, le leggi della struttura e disposizione delle parti in un individuo vivente con quelle della successione degli esseri lungo le epoche geologiche passate, infine le differenze caratteristiche dei gruppi specifici con le analogie generali di tutto il vastissimo e svariatissimo regno delle forme viventi.
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