A costituire questo legame bastava, secondo la scuola ufficiale, il canone cuveriano dell'unità di piano voluta da un'Intelligenza superiore, che con successivi atti creativi aveva dato l'impulso a forme organizzate indipendenti, pur seguendo in questo lavoro di secoli una legge fissa ed immutabile.
      Ma intanto la geologia aveva distrutto per opera di Carlo Lyell la teoria dei cataclismi terrestri, e la ipotesi delle creazioni subitanee e multiple emessa dal grande ma fanatico Cuvier era morta nel nascere: intanto la distribuzione geografica delle specie faceva nascere per necessità l'ipotesi di tanti centri distinti di creazione, distruggendo così il dogma della Creazione unica e contemporanea di tutte le forme: intanto lo studio dei fossili poneva in luce il successivo perfezionarsi del mondo organizzato lungo le epoche geologiche, e la paleontologia indietreggiava l'origine di alcune specie fino alla remotissima aurora della crosta terrestre. Il Lyell abituava la scienza a considerare i fenomeni naturali come l'effetto delle piccole cause, operanti senza interruzione e con estrema lentezza per migliaia e migliaia di secoli: gli astronomi davano della durata immensa delle età geologiche la più solenne riprova coi loro calcoli esattissimi sui valori inimmaginabili e quasi infiniti dello spazio e del tempo. Ed anche nel seno delle stesse scienze biologiche la rivoluzione andava accentuandosi da più parti. Oltre ai dubbii sul concetto classico dei caratteri specifici, la morfologia ebbe il merito di dimostrare la grande analogia fra lo sviluppo dell'individuo e quello della specie: il Von Baer aveva già scoperte le leggi dell'embriogenia individuale; e lo Schwann, lo Schleiden, il Virchow, fondando la teoria cellulare ed applicandola ai fenomeni normali e morbosi dell'organismo, chiudevano per sempre ogni adito alle influenze soprannaturali nella genesi della vita.