Egli toccò invece ampiamente, se pur non si deve dire che in gran parte le rinnovò, le leggi della variazione, cioè gli effetti dell'uso e non-uso, comprensivi i cambiamenti nelle abitudini e l'acclimatazione, gli arresti di sviluppo, le variazioni correlative, la coesione delle parti omologhe, la variabilità delle parti multiple, la compensazione di sviluppo, e infine le variazioni analoghe, rendendo così più chiaro il processo intricatissimo e quasi inintelligibile di formazione dei nostri prodotti domestici.
      Ma le numerose classi di fatti fin qui accennate, relative all'eredità ed alla variabilità degli esseri organici, traevano quasi per forza il Darwin a farsi un concetto che assieme le riunisse con un metodo evidente: ed ei ci presentò nella terza parte del libro sulle variazioni quella sua ipotesi della Pangenesi, che per quanto, al suo dire, puramente provvisoria, appare però fino ad oggi come la migliore e la più degna di attenzione per rilegare tra loro i fenomeni più oscuri del mondo vivente. Nella Pangenesi, ogni atomo od unità componente dell'intero organismo si riproduce, ossia possiede, oltre alla proprietà ordinaria di moltiplicarsi per generazione scissipara, quella ancora di emettere «gemmule» che sono disperse per tutto il sistema. Queste gemmule crescono, si moltiplicano e si aggregano, per costituire gli elementi sessuali, ovuli e granelli pollinici, seme fecondo ed ovo, nonché le gemme, ed esse sono così numerose e piccole da poter essere trasmesse a tutte le successive generazioni in uno stato dormente simile a quello del seme entro terra.