Pontefice tale non poteva certo sgozzare, che re Arrigo imperadore, venuto al trono di Sicilia, non s’era mai voluto piegare a prestare l’omaggio e pagare il tributo per le provincie dipendenti dal regno di Sicilia; e però s’era con tanta ostinazione negato a riconoscere Federigo, se prima la regina sua madre in nome del figliuolo non avesse rinunziato all’antico privileggio dell’apostolica legazione e giurato di recarsi in Roma a prestare personalmente omaggio pel regno e dichiarar di tenerlo per pontificia concessione. Per la ragione stessa, dopo la morte dell’imperadore Filippo di Svevia: quel pontefice avea fatto ogni opera per fare eleggere Otone di Sassonia, suo nemico, ed escludere re Federigo, comecchè eletto da gran tempo re dei Romani: se l’impero si unisse alla Sicilia, scriveva egli, la Chiesa ne sarebbe sconvolta: perocchè, per tacere degli altri pericoli, egli si negherebbe a prestar omaggio pel regno, come si negò suo padre (310).
      Ciò che papa Innocenzio volea schivare, era per accadere, e forse con maggior suo danno, quando Otone fu per conquistare il regno di Sicilia, senza che Federigo avesse potuto opporgli resistenza; ma quell’attacco, inteso a distruggere la potenza papale, fu quello appunto, che maggiormente lo esaltò. Una bolla desta una rivoluzione in Germania; Otone perde l’impero; Federigo l’acquista, ma prima di acquistarlo, l’astuto pontefice estorse da lui quelle concessioni, che per l’immatura morte della regina Costanza non avea potuto ottenere; Federigo stretto dal timore di perdere il regno, e dalla speranza di acquistar l’impero, ebbe a piegarsi a prestare il richiesto omaggio ad un legato pontificio spedito a bella posta in Sicilia, e con diploma del mese di febbrajo 1211 promise l’annuale pagamento di mille schifati per la Puglia, per la Calabria e per la Marca; rinunziò al dritto di scegliere i vescovi ed i prelati del suo regno; tolse il divieto degli appelli delle cause ecclesiastiche alla romana corte; in somma cancellò il privilegio dell’apostolica legazione.