Morti poi nel 1216 papa Innocenzio, e l’anno appresso Otone, Onorio III, venuto al pontificato cominciò ad insistere, che Federigo imprendesse tosto, come promesso avea, la crociata; questo dall’altro lato insistea per essere coronato; ed intanto si maneggiava in Germania per fare eleggere il piccolo Arrigo suo figliuolo a re dei Romani, per aprirgli la strada al trono imperiale. Venutone a fine scrivea sommessamente al papa, che ne avrebbe sospesa l’esecuzione, se ciò non era di suo grado. Sceso poi con valide forze in Italia, rinnovò con più efficacia la dimanda della coronazione. Papa Onorio, che per trambusti accaduti in Roma, si era rifugiato in Velletri, posto com’era tra due fuochi, non potè negarsi più oltre; accompagnato da Federigo entrò in Roma, fece stare a segno quel senato e quel popolo, e addì 22 di novembre del 1220 seguì la coronazione di Federigo e della moglie, la quale una col suo figliuolo si era alcun tempo prima recata in Germania. Re Federigo, coronato imperadore, pigliò nuovamente la croce e promise di mandare validi soccorsi ai crocesegnati, i quali si erano giù insignoriti di Damiata.
      Venuto in Puglia, privò delle baronie loro e bandì que’ baroni, che avean favorito Otone, comechè alcuno fra essi fosse stato ecclesiastico; convocò in Capua il parlamento di quelle provincie, e molti regolamenti vi furono stanziati per la tranquillità e buon reggimento di esse, tra’ quali è degno di nota quello di demolirsi tutte le castella e le fortezze da’ baroni edificate ne’ loro feudi senza il regio assenso, contro le leggi.