I Pisani nel 1202 ne li avean cacciati; essi, ripresa di viva forza la città: vi esercitavano pieno dominio: Federigo ne li cacciò, nè valse allegare la concessione del padre, l’accoglienza a lui stesso fatta in Genova, i servizî prestati; solo poterono ottenere d’esser messi del pari alle altre nazioni che mercantavano in Sicilia. Nè più pieghevole si mostrò Federigo allo stesso pontefice.
      Erano fra’ baroni di Puglia, che il re avea spogliati de’ loro feudi, Riccardo conte di Sora e il conte d’Anagni suo fratello, i quali furono inoltre arrestati e mandati nelle carceri di Sicilia, nulla giovando loro d’esser fratelli di papa Innocenzio III. Costoro fecero giungere le loro querele a papa Onorio, ed alle loro s’accordavano quelle degli altri baroni, massime degli ecclesiastici, ch’erano stati puniti, e quelle di tutti i chierici del regno, che dicevano lesa la loro immunità per la tassa loro imposta, comechè diretta a far le spese d’una guerra, ch’eglino stessi predicavano santa, e per essere sottoposti alla giurisdizione de’ tribunali ordinarî. Il papa prese le parti loro; perchè gli stava fitta in mente l’idea di quella guerra, spedì un suo nunzio in Sicilia, per esporre al re le sue lagnanze pe’ gastighi inflitti ai baroni di Puglia, per le tasse imposte agli ecclesiastici e per invitarlo al tempo stesso a recarsi in Verona, ove doveano anche convenire Giovanni di Brenna, già re di Gerusalemme, ed il cardinal Pelagio, per pensare al modo di ripigliare con vantaggio le armi.