Giunto finalmente in Roma l’esercito francese nel giugno del 1501, gli ambasciatori de’ due re in pien concistoro palesarono al famoso Alessandro VI, degno invero d’entrare in terzo in tale spoglio, la convenzione fatta, e chiesero l’investitura del regno di Napoli. Papa Alessandro, per vendicarsi del re di Napoli, che erasi negato a dare una delle sue figlie in moglie al sacrilego Cesare Borgia suo figliuolo, non solo accordò la chiesta investitura, ma volle essere anche della partita. L’infelice Federigo, inabile a far fronte a quelle prepotenti forze, cesse tutto il suo regno al re Luigi e ritirossi in Francia, ove fu assai bene accolto. Venuti poi i due re padroni di quel regno, Ferdinando, dopo d’aver fatto quel tradimento al nipote, accoccolla ai Francesi cacciandoli dalla metà loro assegnata.
      Ma i trionfi di quel re furono avvelenati da domestiche sciagure. Avea egli avuto dalla regina Isabella cinque figliuoli, un maschio e quattro femine. Il principe Giovanni si morì nel 1497. Per la sua morte il diritto alla successione era passato nella principessa Isabella; maritata ad Emmanuele re di Portogallo, ed al principe Michele di lei figliuolo: ma anche questi l’un dopo l’altro vennero a morte: onde restava erede di quella vasta monarchia Giovanna, maritata a Filippo il bello arciduca d’Austria. A tante perdite venne ad aggiungersi quella della regina Isabella morta nel 1504; per che dovette cedere alla figliuola e al genero il governo della Castiglia, ed egli recossi in Napoli, per visitare quel nuovo suo regno.