Restavano solo il gran protonotaro e ’l gran giustiziere; ma le funzioni del primo erano assai ristrette. Non così dell’altro, il quale, perchè presedea alla suprema corte di giustizia del regno e perchè pigliava il governo in mancanza de’ vicerè, gran peso avea ne’ pubblici affari. E per esser tal carica data sempre ad uno de’ grandi baroni, assai ne venia accresciuta la potenza di tutto il ceto. E forse da ciò fu mosso re Filippo a stabilire primieramente, che il gran giustiziere (ove il re lo eligga (602)) si avesse solo la dignità, la precedenza e ’l soldo di milledugento scudi l’anno. Tutte le attribuzioni ne furon trasfuse al presidente della gran corte, giurisperito, col titolo di luogotenente del gran giustiziere e il soldo di mille scudi l’anno.
      Era stato nel 1548 proposto dal parlamento, che sei fossero i giudici della gran corte, tre per le cause civili e tre per le criminali; e Carlo I avea assentito alla proposta, con questo, che vicendevolmente que’ tre, che il primo anno rendeano ragion civile, nel secondo giudicar doveano nel criminale. Filippo stabilì con miglior consiglio, che de’ sei giudici della gran corte in tutto il tempo, che duravano in carica, tre fossero destinati al civile e tre al criminale: due avvocati fiscali, uno presso la gran corte, l’altro presso il tribunale del real patrimonio, stabiliti nel regno precedente nel parlamento del 1548 (603), furono confermati: due procuratori e due sollecitatori fiscali; un’avvocato ed un procuratore de’ poveri furono addetti alla gran corte.