Anche il cardinale Leopoldo lo aveva in grazia, e lo ammise fra i primi nove soci dell'Accademia del Cimento, dove fece varie esperienze sulla natura dell'acqua, sulla gravità dell'aria, sui corpi fluidi, sui cristalli dei sali, sull'olio, ecc.10 Ma dopo qualche tempo, neanche la Toscana era più paese per lui: si era fatto molti nemici, ed è comunemente creduto che il Menzini nella satira decima, che è contro gli increduli e gli atei, sotto il nome di Gargilio alluda a lui. Dicono alcuni che il segreto da lui inventato di tingere in rosso il sale di Volterra, gli voltasse contro coloro che fraudavano lo Stato di cotesta regalìa, sicché, minacciato, fuggisse. Altri vogliono che venisse a contesa col Redi, col quale se la prese per averlo chiamato «ingegniosissimo», che dovette parergli poco, e che accusava di avergli rubato le famose esperienze sulle vipere: o con un gentiluomo di Corte che, da lui insultato, gli giurò vendetta. Vi ha pure chi dice che la granduchessa Vittoria lo avesse a noia, e che una sera gli alabardieri al servizio di lei lo rincorressero e per poco non l'ammazzassero. Fatto è che nel '67, abbandonata la cattedra pisana, il giorno stesso in che la lasciarono con lui il Borelli e il Rinaldini, ed ove aveva insegnato le dottrine di Galileo e del Gassendi, quest'uomo irrequieto era di nuovo in Roma; e, si aggiunge, accompagnato da una sorella, la cui bellezza gli procacciò la protezione del conestabile Colonna. Questi gli ottenne le rendite di una abbazia, e lo fece suo governatore in Marino.