Nutrito quel Monarca in Spagna, e imbevuto delle più rigorose massime da Ecclesiastici famosi nel bigottismo, e nell'intolleranza, di naturale diffidente(25), timido, e crudele, appena giunto al governo degli Stati cedutigli dal Padre, rinnovò gli ordini più severi perchè data fosse esecuzione a Decreti dell'Inquisizione, facendosi un dovere di assistere in persona come a un vago spettacolo, alle condanne di morte di coloro, che pensavano differentemente dagli altri in materie di Religione. Tanto grande era il suo entusiasmo, che un giorno ebbe la debolezza di dire, che ad onta della sua inclinazione alla clemenza, il suo odio per l'eresìa era sì forte, che se non si fossero trovati carnefici, avrebbe egli stesso esercitate le loro funzioni per distruggere i Settatori delle nuove proposizioni.
      Fra le voci che si erano sparse nel Mondo sulla ritirata del citato Carlo V. Augusto nel Monastero di S. Giusto dell'Ordine di S. Girolamo nell'Estremadura, ove morì da privato nel dì 21. di Settembre 1558., una era quella, che il continuo commercio che avea avuto co' protestanti di Germania, gli avesse infusa qualche inclinazione per le loro massime, e che non si era nascosto in una solitudine, se non per finire i suoi giorni in esercizj di pietà conforme alle sue segrete disposizioni. Nulla vi era di più falso. La stima che credeasi che facesse delle opinioni de' novatori del suo secolo, apparve al mondo dalla scelta delle persone che fece per dirigerlo nella sua condotta spirituale, cioè del Dottor Caculla suo Predicatore, dell'Arcivescovo di Toledo, e del Padre Agostino Ponzio suo direttore di coscienza.