Fina da quando il Re Filippo era ancora nelle Fiandre a combattere contro i Francesi, avea dichiarato Inquisitore Generale di tutte le Spagne D. Ferdinando di Baldez(26) Arcivescovo di Siviglia, Prelato severo e rigido al maggior segno, con attribuirgli ogni più estesa facoltà di gastigare e chiamare al suo Tribunale qualunque persona, quando sospetta fosse di eresìa, senza distinzione di grado, sesso, ed età. Siccome fra esso, e l'Arcivescovo di Toledo non passava buona corrispondenza, l'odio privato sotto l'apparenza del ben pubblico spiegò tutto il suo livore. Non ostante seppe l'Inquisitore nascondere i suoi risentimenti fino alla venuta del Sovrano a Madrid, non essendo abbastanza informato in qual modo potea prender le cose. Ma questo Principe segnalato avendo il suo arrivo in Spagna col supplizio di tutti i partitanti delle opinione contrarie alla fede Cattolica, l'Inquisizione divenuta più ardita dal suo esempio attaccò direttamente l'Arcivescovo di Toledo Primate di Spagna, e tutti i suoi compagni nella direzione di coscienza del defunto Imperatore. Il Re avendogli lasciato arrestare tutti e tre, il popolo riguardò una tal cosa come il capo di opera del suo zelo per la Religione, ma il rimanente del mondo vedde con orrore il Confessore di Cesare fra le di cui braccia era spirato quel Monarca, e che avea ricevuto come nel suo seno quella grand'anima, dato in preda al più crudele, e al più vergognoso supplizio per le mani stesse del proprio figlio. Strepitò Roma per tale avvenimento, strepitarono quindi i Padri del Concilio di Trento allora adunati, correndo l'anno 1562, per la ritensione del prefato Arcivescovo sotto altro Tribunale che quello del Pontefice, a cui premendo il togliere ogni ostacolo al termine di detto Concilio, spedì apposta in Spagna Monsignore Odescalchi a sollecitare S. M. a voler cedere alle insinuazioni de' Padri del Concilio, ma trovò il Re inesorabile, e il Papa che era Pio IV. fu obbligato a metter fuori il compenso di far sapere a' detti Padri esser giunto a sua notizia, che Paolo IV. suo Antecessore avea concessa all'Arcivescovo Inquisitore la potestà di metter le mani addosso al suo confratello, e questi mostrarono di restare almeno in apparenza persuasi.