Vi era anche una specie di rivalità fra Padre e figlio per cagione d'Isabella di Francia(28), che Filippo avea presa per sua terza Sposa dopo averla promessa al figlio. Nulla vi era di più verisimile, che questi due giovani si amassero, poichè Isabella era stata allevata in una Corte voluttuosa e galante, e gl'intrighi femminili e la galanteria erano allora la maggiore occupazione della gioventù Spagnuola(29). Vennero intercette delle lettere scritte dal Principe al Conte di Egmont stimato capo de' sollevati Fiamminghi, e portate al Re: in esse biasimava egli la severità del Duca di Alba, e compativa le disgrazie di que' sudditi sventurati. Alcuni Autori vogliono, che tentato avesse di fuggire dalle Spagne e rendersi in Fiandra per farsi dichiarare Sovrano di quelle Provincie. Tutti gli Scrittori differiscono nel narrare le cagioni della morte di questo Principe infelice, e una tale verità non si è mai saputa.
      Fosse una cosa, fosse l'altra nella notte del dì 18. Gennaio 1568. il Re Filippo accompagnato dal Principe di Eboli, dal Duca di Feria, e da Antonio di Toledo Priore di Leone entrò nella Camera del figlio mentre dormiva profondamente poco dopo la mezza notte: s'impadronì tosto della sua spada che stava dietro al capezzale comandandogli di alzarsi, e mentre si vestiva gli fece i più vivi rimproveri del suo contegno, e quindi lo consegnò alla condotta di persone odiate dal Principe all'eccesso. Nel giorno appresso dette parte di questa sua disumana risoluzione a tutte le Corti d'Europa, ma ovunque scrisse la cosa in differente maniera.