Ottenuta la Bolla e significata a tutti i Tribunali dell'Inquisizione del Portogallo, vennero sospese tutte le esecuzioni, e i novelli Cristiani, ebbero il permesso di nominare dei Procuratori per agire a loro nome tanto a Roma, che in Lisbona, e sollecitare appresso S.M. un regolamento, che riducesse le formalità del S. Ufizio alle regole prescritte dal Diritto Civile e Canonico. In sequela di ciò vennero presentate al Papa delle forti memorie, e suppliche, perchè si degnasse ordinare, che fossero portati avanti al suo Trono gli atti originali de' processi compilati contro coloro, che erano stati condannati al fuoco dell'Inquisizione, e specialmente quelli, che erano morti qualificati convinti negativi, acciò S.S. persuasa fosse della giustizia de' ricorsi ad essa indirizzati, e prendesse quelle misure, che credute avesse necessarie per ovviare a un tanto male. Ascoltò Innocenzio con carità ed attenzione le lagnanze di quelle afflitte genti, e talmente restò commosso delle loro miserie ed oppressioni, che fece immediatamente spedire un Breve diretto agli Inquisitori, col quale loro ordinava inviar subito alla Santa Sede quattro de' primi processi originali fabbricati sul principio, che il S. Ufizio fu stabilito in Lisbona. Conobbero i Ministri dell'Inquisizione il pericolo a cui erano esposti di vedersi limitata l'autorità, onde presero d'accordo il partito di non obbedire nè punto nè poco agli ordini di Roma. Questa retinenza obbligò il Papa a sospendere con un altro Breve l'Inquisitor Generale, e scommunicar tutti gli altri, e loro impose rimettere a Vescovi le chiavi de' rispettivi Tribunali.