Ne nacque perciò in detta Città di Lisbona e altre del Portogallo un fiero scisma, sostenendo acerrimamente i Domenicani non esser obbligati, stante i privilegi loro concessi dagli altri Pontefici, a render conto ad alcuno delle procedure del Santo Ufizio, e tanto si maneggiarono presso l'Infanta figlia del Re D. Pietro, a cui il padre moltissimo deferiva, e presso alcuni favoriti, che col mandare a Roma due soli processi scelti a lor talento quietarono l'affare. Il Papa per non far peggio mostrò di contentarsi e li dichiarò assoluti, onde a poco a poco le cose ritornarono nel primiero stato. Tuttociò vien bastantemente giustificato dall'istesso Breve del prefato Pontefice Innocenzo XI. in data 22. Agosto 1682. I mezzi de' quali gl'Inquisitori si servirono per deviare la tempesta, che li minacciava furono quelli di far comprendere al Re, che la Corte di Roma non avea richiesto i detti processi se non per approfittare dell'occasione di intrudersi negli affari Ecclesiastici del Portogallo, il che era diametralmente contrario a diritti e privilegi della Corona, e che non era in conseguenza buona politica dare al Papa dei pretesti di estendere la sua autorità su quella del Principe, che non dovea avere altro superiore che Dio.
      Ritornò in tal guisa il Tribunale del S. Ufizio ad esercitare in Portogallo la primiera autorità, servendo anche qualche volta alle private vendette di chi avea in mano il governo assoluto dello Stato, come appunto si vuole che avvenisse nel 1761. Proscritti (dopo l'orribil congiura, vera o pretesa che fosse, ordita contro la vita del Re Giuseppe I. di Braganza figlio di Giovanni V., ed eseguita nella notte de' 3. settembre 1758.) i Gesuiti da tutti i Domini di quella Corona, venne dal Marchese di Pombal fatto arrestare il Padre Gabbriello Malagrida, come uno dei principali fautori della cospirazione unitamente a Giovanni Alessandri entrambi Italiani, e Giovanni de Mathos Portoghese.