Fissata contro questi la regola giuridica, che semel malus semper presumitur malus in eadem genere mali, bisognò venire alle prove, che autorizzassero una tal presunzione, e si pretesero ricavare dagli esercizi spirituali dati dal Malagrida alla Marchesa Eleonora di Tavora, che insieme col Duca di Aveiro e altri Principali Signori dichiarati rei, era stata pubblicamente giustiziata. Il pubblico che ha per costume di mettere in dubbio tutto ciò, che è singolare, non sapeva persuadersi, che un religioso forestiero in età decrepita si fosse servito di un mezzo sì pio per promovere un delitto gravissimo, di cui non avrebbe mai potuto godere. Ad oggetto perciò di dar fine alle ciarle, venne il predetto Gesuita consegnato all'Inquisizione, come dipartimento, di cui pel' tanto terrore che avea saputo incutere nel popolo, non vi era persona così audace, che avesse il coraggio di parlarne in bene o male. Dopo aver languito per due anni e mezzo nelle carceri fu proceduto nel dì 20. Settembre 1761. all'esecuzione di sua condanna in un pubblico Atto di Fede. Cinquantaquattro altre persone seco di lui destinate a diversi altri supplizi furono condotte nella gran Piazza della Capitale suddetta. Fu letta in pubblico la di lui sentenza mediante la quale comparve reo d'impostura, false profezie, orribili empietà, abuso della divina parola, ammaestramento di morale infame e scandalosa, seduzione di popoli ed eresìa. Ciò fatto vennero assolute dalla scomunica tre statue rappresentanti i due altri nominati correi, e un altro Gesuita, morti o pure fatti morire nelle carceri, quindi l'Arcivescovo di Sparta Vicario generale del Cardinal Patriarca procedette alla degradazione formale dello sventurato Gesuita ottuagenario, che fu immediatamente condotto avanti al Tribunale detto della Supplicazione, dal quale ad istanza di due Benedettini, che lo assistevano gli venne accordato per grazia di esser prima strangolato avanti di esser gettato nel fuoco.