Spirato appena fu subito acceso il rogo che ne ridusse il cadavere in cenere. La scena seguì di notte; l'idea de' delitti e delle pene date a numero sì grande d'infelici, la presenza de' severi Inquisitori, il silenzio, e la tristezza della più tragica processione, l'apparato di morte, le milizie che circondavano la piazza, la liturgia della degradazione, le tenebre, le fiamme, il rogo, la memoria del sangue illustre sparso due anni avanti, componevano uno de' più funesti e orrendi spettacoli più facile a immaginarsi, che a descriversi. Vi fu però chi giudicò il Malagrida piuttosto fuori di senno, che delinquente. Scritto avea egli in lingua latina un libro intitolato Tractatus de vita et Imperio Anticristi, e in lingua Portoghese composta avea la vita di S. Anna. Esaminato dal S. Ufizio questo ultimo libro con tutta la maggiore attenzione vi furono trovate infinite proposizioni esecrabili ed abominevoli, che forse da qualunque Tribunale di Europa sarebbero state disprezzate come parti d'imbecillità e demenza, poichè fra le altre belle cose vi si dicea "che la SS. Trinità era gelosa di questa Santa; che il Corpo di Cristo era formato da una goccia di sangue uscita dal cuor di Maria; che la SS. Trinità era venuta in contese circa il trattamento da farsele in Cielo" e simili inezie. Molti pertanto credettero, che le riferite proposizioni fossero più tosto deliri di un pazzo, che bestemmie di un eretico, e che sarebbe statopiù conveniente consegnare l'autore alla cura de' medici in uno Spedale, che darsi a esaminare seriamente le di lui massime.