Si opponevano a ciò due ostacoli: l'uno come si potesse senza confusione smembrar le cause di eresìa dall'autorità Episcopale che le avea sempre giudicate; l'altro come si potesse escludere il Magistrato secolare a cui commessa era l'esecuzione del gastigo degli eretici, e per l'antiche e moderne leggi Imperiali, e per i particolari statuti. Al primo inconveniente fu trovato il temperamento di creare un Tribunale composto dell'Inquisitore e del Vescovo, il quale vi avesse poco più che il nome, e il primo tutta la più estesa facoltà: all'altro con applicare un terzo al pubblico delle confiscazioni che si sarebbero fatte. Ad onta di tali precauzioni e dell'autorità, che il Sant'Ufizio istituito in Roma verso que' tempi col nome d'Inquisizione Generale avea ottenuta sopra tutte le altre Inquisizioni d'Italia, autorità infinitamente ampliata ed estesa nel 1540. sotto Paolo III. frequenti furono i disordini e tumulti, che ne nacquero in diverse Città, perchè i Frati Inquisitori nelle prediche sovente eccitavano il popolo, allora assai rozzo e materiale, alla sedizione col fargli prender la croce. Sotto questo pretesto i crocesignati facevano le loro vendette particolari contro i loro nemici additati come eretici, ed altri anche innocenti sotto quel nome restavano oppressi da chi voleva le loro sostanze. A Venezia dopo l'ammissione dell'Inquisizione di soli 12. anni, cioè nel 1301. Fra Antonio Inquisitore inviò un Monitorio a Pietro Gradenigo Doge, che dovesse giurare di osservare le costituzioni Papali ed Imperiali contro gli Eretici.