D'allora in poi l'autorità del Sant'Ufizio nello Stato Veneto venne per mezzo di varj concordati con la Santa Sede, limitata in molte parti e ristretta, e il detto Tribunale rimase come un misto di secolare, e di ecclesiastico con tre assistenti secolari, che sempre dovessero assistere a tutti i suoi atti e risoluzioni, senza di che qualunque ordine, sentenza, o decreto, fosse nullo, e di niuno affetto e valore.(45)
      Nonostante un così saggio regolamento in materia d'Inquisizione fra Roma e Venezia, varie contese insorsero con l'andare de' tempi, ma la più strepitosa fu quella sotto Paolo V. nel 1607.(46) Il d. Paolo V. Borghese nativo di Siena era animato sopra ogni altra cosa a sostenere l'immunità e privilegi del Clero, che poteano far rinascere le antiche vertenze tra la secolare e l'ecclesiastica potenza, che ne' secoli anteriori aveano fatto versare tanto sangue. Avendo poco dopo la sua assunzione al trono Pontificio il Governo Veneto fatto arrestare e tradurre nelle sue forze un Canonico di Vicenza e un altro Sacerdote Canonico di Nervesa, che venivano reclamati dall'Inquisizione, come ancora rinnovato un antico decreto, che gli Ecclesiastici compresi sotto il nome di Mani morte non potessero acquistare in avvenire beni stabili, con altre modificazioni, scrisse il Papa al Senato, che la suddetta legge, e la carcerazione de due Preti offendevano direttamente l'onore di Dio e della sua Chiesa, onde era d'uopo che annullate fossero immediatamente, e i due detenuti venissero consegnati a Monsignor Mattei suo Nunzio Pontificio, mentre non doveano giudicarsi che dalla Romana Congregazione del Sant'Ufizio.