Il Potestà scusando l'error successo, e impetrando il perdono della Signoria si trasse d'intrigo, ma l'Inquisitore piccato scomunicò immediatamente il Gonfaloniere e i Priori, e lasciata la Città interdetta se ne andò a Siena. Alla scomunica fu subito per mezzo di due Notari Sindaci del Comune appellato di nullità, e vennero mandati sei Ambasciatori in Avignone a Papa Clemente VI. fra quali il Canonico Buonaccorso de' Frescobaldi, e Ugo della Stufa Cavaliere, per rappresentare la cattiva condotta dell'Inquisitore, e pregare il Santo Padre a rimuoverlo da quella carica, esponendo, che in sette anni che l'avea amministrata, avea ricavati più di 7. mila fiorini d'oro da diversi Cittadini condannati in pene pecuniarie come sospetti di Eresìa. Frattanto imitando uno Statuto, che era allora in vigore a Perugia, e nel Regno di Castiglia, venne in Firenze emanata una legge, che veruno Inquisitore si dovesse intromettere in altro che nel suo ufizio senza uscir punto da i termini dell'eresìa, e che gli eretici secondo la qualità de' loro delitti condannati fossero nella persona, e non ne beni o in danaro. Che non potessero gl'Inquisitori tener carceri private, ma si dovessero servir delle pubbliche, e nessun Capitano, Potestà, o esecutore potesse fare arrestare cittadino o forestiero col mandato del S. Ufizio senza previa licenza de' Priori, e così s'intendesse relativamente a' Vescovi di Firenze e di Fiesole. Fu tolta anche la facoltà di dar le patenti di portar armi se non per soli sei familiari dell'Inquisizione, e perchè questi articoli fossero puntualmente osservati, eretto venne un Magistrato di 14. Cittadini chiamati i difensori della libertà, da quali con l'andar del tempo ne è derivato il Tribunale della Regia Giurisdizione.