La scomunica fu tolta, e l'Inquisitore rimosso con l'essere stato fatto Vescovo di S. Angelo. Giunto l'anno 1375. Gregorio XI. sdegnato co' Fiorentini perchè credea, che avessero dato mano alla ribellione di alcune Città dello Stato Ecclesiastico, pubblicò solennemente in Avignone la sentenza di scomunica ed interdetto contro la Città di Firenze, alla quale trovandosi presente Donato Barbadori Ambasciatore della Repubblica, si rivolse a un Crocifisso ed esclamò, Dio Signore nostro a te dalla sentenza del tuo Vicario iniquamente pronunziata contro di noi ci appelliamo e invochiamo la tua rettissima equità. L'Interdetto non ebbe effetto, e per ordine preciso della Signoria continuarono i Preti a celebrare i Divini Ufizi non ostante gli ordini dell'Inquisizione, ma morto il predetto Pontefice, che ricondotta avea la S. Sede a Roma, e assunto sulla Cattedra di S. Pietro Urbano VI., questi a cui da Francesi era stato eletto un Antipapa col nome di Clemente VII. ribenedisse i Fiorentini i quali però dovettero alquanto rilasciare il loro rigore in materie giurisdizionali, e l'Inquisizione acquistò nuova forza nella venuta in Firenze di Martino V. nel 1420 e di Eugenio IV. nel 1439. Fu di nuovo rimessa l'Inquisizione dalla Signoria ne' limiti della legge, dopo che nel 1478. il Pontefice Sisto IV. intruso nella famosa congiura de' Pazzi scomunicò e mosse guerra a' Fiorentini servendosi del pretesto di avere essi fatto impiccare alle finestre del pubblico palazzo l'Arcivescovo di Pisa di casa Salviati.