Pio IV nel 1564. dilatò maggiormente la loro potestà contro qualunque persona, benchè costituita in dignità di Vescovo, Arcivescovo, Patriarca, Cardinale ec. Questa ebbe la facoltà di eleggere in Firenze tre Commissarj, che unitamente con l'Inquisitore conoscevano le cause di religione e partecipavano al Governo le condanne da eseguirsi. Nel 1551. alla metà di Dicembre regnando Cosimo I. ed essendo assistenti il Vicario dell'Arcivescovo Antonio Altuiti, il Proposto Alessandro Strozzi, e lo Spedalingo di S. Maria Nuova, fu dato alla Città un lugubre spettacolo sull'idea del descritto Atto di Fede di Spagna, consistente in una Processione proceduta da uno stendardo con una croce nodosa in campo nero in mezzo a una spada e un ramo di olivo, con le parole intorno exurge Domine et Judica Causam tuam. P.S. 73. Consisteva essa in 22. soggetti alla testa de quali vi era Bartolommeo Panciatichi ricco gentiluomo, che servito avea il Duca alla Corte di Francia in qualità di Ambasciatore. Erano essi vestiti con cappe e sambeniti dipinti di Croci e di Diavoli, e condotti alla Metropolitana furono quivi pubblicamente ribenedetti mentre si abbruciavano sulla piazza i loro libri. Alcune donne sospette di aver creduto alle nuove massime oltramontane sottoposte vennero all'istessa formalità privatamente nella Chiesa di S. Simone. Poco dopo Lodovico Domenichi venuto a Firenze nel marzo 1547. per dedicare al Duca le sue traduzioni di Zenofonte, e da esso era pensionato per accudire alla letteratura, fu condannato dall'Inquisizione, per aver tradotta e stampata in Firenze con la data di Basilea la Nicomediana del Calvino, benchè negasse di aver mai tenuta alcuna cattiva opinione contro la fede, ed abiurare pubblicamente con un libro appeso al collo, e a dieci anni di carcere per aver trasgredito alle leggi emanate in materia di stampe.