Cosimo scosso dalle calunnie, che erano state pubblicate a Roma contro di lui in occasione di aver intimato lo sfratto da suoi Stati a Frati di S. Marco, assunse per smentirle con grande impegno l'invigilare alla conservazione della purità della fede, ben persuaso che la religione è il sostegno del trono.
      Nel 1557. fu accresciuto dall'Inquisizione Fiorentina ad istanza di Paolo IV. un altro Deputato, ma il Duca nel tempo istesso che aderiva a quanto era necessario per tener lontana l'eresia, stette cauto in non lasciarla uscire da prescritti confini, poichè in quell'istesso anno tentato avea di acquistare giurisdizione sopra varj altri delitti giudicati sempre in addietro da' Tribunali secolari. In varie occasioni mosso dall'amore della verità si degnò giustificare diverse persone, che giudicava accusate per oggetto di malignità o d'invidia, e divenuto Sovrano di Siena non volle ascoltare quanto reiteratamente gli veniva rappresentato dalle nuove opinioni che Lelio e fratelli Socini, e suoi aderenti sparso aveano in quella Città. Per mantenere intatta la purità del culto, volle che osservata fosse a rigore la legge sopra la proibizione de' libri di autori eretici, e nel 1553 permesse che si pubblicasse nel suo Dominio un Editto della Romana Inquisizione contro i libri degli Ebrei, e particolarmente il Talmud, tollerando che si usasse contro di loro ogni perquisizione e vessazione, e questo fu il primo passo della Santa Sede per mettersi in possesso di proibire i libri in Toscana.