Fece il Torelli in poco tempo vedere, che il danno de' particolari nel privarli di questi libri oltrepassava i cento mila scudi, e che era un'indiscretezza e un'ingiustizia il proscrivere tutti i libri stampati di là da monti, fra quali si noveravano le opere degli autori più classici Greci, e Latini, e specialmente quelli sopra Medicina. Determinò pertanto il Duca, che i Deputati dell'Inquisizione eseguissero l'Editto del Papa soltanto per i libri contrari alla Religione, e che trattassero di magia, e astrologia giudiciaria, sospendendo l'esecuzione per quelli che non aveano relazione alle classi predette. I Padri di S. Marco avrebbero voluto tosto abbruciare quanti libri si trovavano in loro potere, ma Cosimo vi si oppose altamente come patrono della Biblioteca e del Convento, onde non si perdessero tante Opere utilissime, presso loro depositate a tempo di Lorenzo il magnifico e altri suoi Progenitori. Nel dì 8. di Marzo 1559. furono consegnati in preda alle fiamme avanti le Chiese di S. Giovanni, e di S. Croce, sul modello di quanto era stato fatto altre volte a tempi del Savonarola, moltissimi libri, che trattavano delle descritte materie, non senza però gran nocumento delle scienze, e de' poveri librai.(55)
      Se in queste cose si mostrò il Duca Cosimo facile a condescendere alla volontà della Corte di Roma: stette sempre forte e costante nell'opporsi all'idea venuta in capo a Pio V. di togliere l'Inquisizione di Toscana a Padri Minori Conventuali, e restituirla a Domenicani, per essere stati essi troppo aderenti a nemici di Casa Medici, alloraquando furono la prima volta scacciati da Firenze nel 1494. Il rigore di questo Papa fu anche superiore a quello di Paolo IV. Egli fu che abolì in Firenze la Deputazione del S. Ufizio lasciata sussistere da Pio IV. ed escluse fino il Nunzio dalla medesima; e col pretesto di non dilatare in tanti il segreto di quel Tribunale ne restrinse la giurisdizione nel solo Inquisitore.