Morto Clemente passò in Francia, dipoi a Napoli, dove nel 1540. contrasse amicizia con Pietro Valdes Spagnuolo, Marco Antonio Flaminio d'Imola, Bernardino Ochino Senese, e fu molto famigliare di Pietro Martire Vermigli, e di Galeazzo Caraccioli. In Viterbo nell'anno susseguente conobbe Vittore Soranzo Vescovo di Bergamo, Appollonio Merenda, Luigi Priuli, Pietro Paolo Vergario Vescovo di Giustinopoli, e Lattanzio Rognoni di Siena, i quali tutti erano Valdesiani, Zuingliani, o Calvinisti, e s'imbevve perciò delle loro erronee opinioni. Pieno per loro di affetto gli aiutava e sosteneva co' mezzi e col danaro. Godendo la grazia di Giulia Gonzaga Principessa di Mantova, le raccomandò con molto ardore due eretici, tenendo aperta corrispondenza con molti Principi e cospicui Personaggi. Fu per molto tempo ammesso alla conversazione di Margherita Duchessa di Savoja, di Vettoria Colonna Marchesa di Pescara, di Renata di Francia Consorte di Ercole II. Duca di Ferrara, di Lavinia della Rovere Orsini, e altre illustri femmine credute propense a nuovi errori. Passato in Francia volle personalmente vedere e trattare con Melantone Capo degli eretici di quel Regno. Ritornato nel 1552. in Italia si trattenne alquanto in Padova, e in Venezia dove non tralasciò il carteggio con gli eretici. Giunto ciò a notizia di Paolo IV. lo fece citare nel dì 6. di Novembre a comparire avanti l'Inquisizione di Roma, ma non comparendo fu dichiarato incorso nelle censure espresse nel Munitorio, e scomunicato. Il Carnesecchi non essendosi di ciò curato, venne da' Cardinali Inquisitori dichiarato nel dì 6. Aprile 1559. contumace ed eretico.