Nonostante aiutava e commendava coloro che si rifugiavano in Ginevra, lodò pubblicamente la confessione di Fede, che fece Giovanni Waldes sulla fine dell'empia sua vita, e scrivendo a' seguaci di Calvino o Lutero gli chiamava nostri innocenti Fratelli, pii Amici, ed eletti di Dio. Succeduto all'inesorabile Paolo IV., Pio IV. per mezzo del Duca Cosimo, chiese di esser sentito da questo Pontefice e l'ottenne, e appresso il medesimo seppe tanto parlare e difendersi con quel profluvio di eloquenza, che possedeva, che fu intieramente assoluto e ricevuto di nuovo nel grembo della Chiesa. Dopo tanti travagli e disastri nondimeno prevalse in lui l'imprudenza e il fanatismo, poichè non solo rimesse danaro a Pietro Gelido Sacramentario, e a Pier Leone Marioni, che erano fuggiti in Ginevra, ma tenne mano alla fuga del d. Pietro Gelido da S. Miniato Sacerdote di molta dottrina, e che era pure stato Segretario di Clemente VII. in Roma, e del Duca Cosimo I. presso la Corte di Francia, ove per opera della nominata Renata Duchessa di Ferrara ritornata al natìo suo Paese, avea apprese le nuove opinioni di Calvino. Stava nonostante i suoi deliri il Carnesecchi in Firenze sua Patria, godendo del favore del Duca, e conversando seco domesticamente, quando fu richiesto dal Papa Pio V. a Cosimo, il quale volendo conservarsi la benevolenza di S.S. da cui sperava l'aumento del titolo, che poi ottenne nel 1566., dette ordine che fosse arrestato e consegnato nelle forze Pontificie nel dì 4. Luglio di detto anno 1566. Condotto a Roma fu rinchiuso nelle carceri dell'Inquisizione, da cui gli fu formato rigoroso processo, e seriamente esaminato, dopo varie tergiversazioni, confessò di propria bocca la sua credenza, e si aggravò