Inviato venne tosto un corriere al Ministro Granducale presso la S. Sede per avere soddisfazione all'insulto fatto a diritto del Trono, e per vero dire si ottenne col cambio del Religioso predetto, ma si proseguì sempre dal S. Ufizio il metodo istesso di procedere. Bisognò però poco dopo consegnare nelle forze del Pontefice tre pubblici Lettori nella Università surriferita di Pisa, fra quali Girolamo Borro eccellente Filosofo languì per molto tempo nelle angustie delle carceri per accuse di eresìa dategli dal figliolo del Cisalpino, che scoperta la sua malignità fu susseguentemente punito. In Siena vennero di nuovo arrestati e mandati a Roma alcuni scolari Austriaci sudditi dell'Imperator Massimiliano II. che ne fece di gran reclami e minacce, e tali violenze non si può dire quai danni recassero a' progressi delle scienze, e alla tranquillità delle due Università, che il fanatismo e l'ignoranza avrebbe voluto totalmente distruggere.(58)
      Arrigo IV. primo Re di Francia della Casa di Borbone grande amico del Granduca Ferdinando I. che lo aiutava con i consigli, e con i danari a conquistare il suo Regno, e scacciare gli Spagnuoli, che sotto pretesto di tener lontano da quel Trono un Re Protestante lo aveano invaso in gran parte per farne dichiarare Regina l'Infanta Isabella Chiara Eugenia figlia di Filippo II., risolse aderendo alle persuasioni de' suoi benevoli per viepiù stabilirsi la corona in fronte di farsi Cattolico, e abiurare gli errori de' quali era imbevuto. Nel dì 25. Luglio pertanto dell'anno 1593. fece la sua pubblica abiura nella Chiesa di S. Dionigi, e inviò in seguito una solenne ambasciata a Roma a Clemente VIII. Aldobrandini Fiorentino affine di prestare obbedienza alla Chiesa, ambasciata, che per qualche tempo non fu attesa dal Papa stante il timore, che avea della Corte di Madrid, e la di lui assoluzione sarebbe andata molto tempo in lungo se francamente l'Auditor Serafini pure Fiorentino non avesse detto a S. Santità; Santo Padre permettetemi di dirvi che Clemente VII. perdette l'Inghilterra per essere stato troppo compiacente con Carlo V., e Clemente VIII. perderà la Francia se vuol seguitare a farsi schiavo delle insinuazioni di Filippo II. Appena quel gran Monarca abbracciato ebbe il Cattolicismo, che i suoi nemici vedendo l'impossibilità di vincerlo a forza aperta, tramarono diverse congiure per torgli la vita come finalmente loro riuscì. La prima tra queste fu quella ordita da un tal Pietro la Barriere, di professione prima navicellaio, poi soldato, messo su forse da qualche segreto emissario di Madrid.