Le acque piovane che cadono sul Giura non si limitano a riempire i laghi ed a nutrire i torrenti superficiali; numerose caverne («creux» o «emposieux») s’aprono pure nell’interno delle rocce e servono da serbatoi sotterranei. L’acqua delle nevi o delle pioggie s’ingolfa nelle numerose fessure della roccia e scorre sotto la montagna per ricomparire nei versanti inferiori, in fontane abbondanti. Fra questi corsi d’acqua che discendono nelle viscere della terra, il più notevole è l’Orbe, il principale affluente che si diriga dal Giura verso il bacino renano. L’Orbe, di cui la scaturigine più lontana si trova in Francia, nel laghetto dei Rousses, attraversa successivamente due altri laghi del territorio svizzero, il lago di Joux e quello di Brenet, poi scompare improvvisamente, alla base d’un’alta parete, in un imbuto naturale, formando cascate che furono ingegnosamente utilizzate per il movimento dei mulini. A 3 chilometri, verso nord-est, e 224 metri più in basso, la corrente inabissata si mostra di nuovo con tanta copia d’acqua da mettere in moto le officine di tutto il villaggio industriale di Vallorbe. A nord della vallata della Reuse, i vasti «emposieux» della valle alta dei Ponts, ricevono acqua che scaturisce, 274 metri più sotto, col nome di Noiraigue. Altrove, sorgenti, appena ricomparse, s’ingolfano di nuovo per riapparire più in basso; il corso loro si compie alternativamente alla luce e nelle tenebre. Si possono citare, come esempio di tali correnti in parte sotterranee, i ruscelli che riuniscono le loro acque nella voragine detta Creux-Genat, nei dintorni di Porrentruy.