Dopo i tre mesi del sef, o stagione della siccità, le fitte nuvole che si accumulano sull’orizzonte meridionale annunciano il kharif. Verso i primi giorni di giugno, gli acquazzoni si succedono con violenza, ma in generale di breve durata e di sovente separati da intervalli di bel tempo. La stagione delle pioggie incomincia ordinariamente con un gran disordine atmosferico, con un turbinìo di venti sulla steppa; ma ben presto il cammino delle correnti atmosferiche si regolarizza, ed il vento di sud-ovest, prolungamento del vento alizeo del sud-est nell’emisfero meridionale, si stabilisce in quella parte dell’emisfero del nord, seguendo il cammino del sole. Durante quella stagione, la temperatura, molto uniforme, si mantiene dai 25 ai 35 gradi; la variazione del termometro è soltanto di 7 gradi della scala centigrada. Pare che un simile clima dovrebbe riuscire molto piacevole; ma i vapori che saturano l’atmosfera ed ai quali si uniscono i miasmi delle bassure, alternativamente riempite e disseccate, rendono il soggiorno del Cordofan molto pericoloso, e gli Arabi, i Turchi, gli Europei non isfuggono alle febbri endemiche spesso mortali. Verso la fine di settembre, dopo tre o quattro mesi di pioggie intermittenti, il vento cambia; la corrente alizea del nord-est, ricondotta al sud dal cammino del sole verso il tropico del Capricorno, si stabilisce portando seco raffreddamenti; durante la notte la temperatura discende persino a 15 gradi centigradi.
      La flora del Cordofan non è molto ricca: acacie, tamarici, adansonie, tali sono gli alberi che dànno alla campagna la sua fisonomia caratteristica nelle regioni che non sono sterili od almeno completamente diboscate.