Allorchè fu nota la sua prigionia, la moltitudine accorse nella piazza e nella corte di palazzo incredula di tanta ingiustizia. Ognuno interrogavasi a vicenda, fissavasi lo sguardo lagrimante, stringevasi dolentemente la mano, e l’afflizione universale sembrava quella di una famiglia desolata, che perduto abbia l’oggetto ed il sostegno di tutte le sue speranze. Niente per altro fu capace d’intimorire l’inflessibile animo degli Avvogadori, i quali, malgrado le comprovate difese del Pisani, le testimonianze degli ufficiali, delle ciurme, e fino de’ prigionieri Genovesi, lo vollero reo, ed ottennero colle loro eloquenti aringhe dal Senato stesso di procedere criminalmente contro di lui. Si venne per ciò a fissare la qualità della condanna. Gli Avvogadori, che per diritto erano i primi a proporre, pronunziano che condotto in mezzo alle colonne di san Marco debba essere decapitato alla vista di tutti. Ne fremette l’intero Senato, e tuttochè a que’ tempi gli animi fossero propensi alla fierezza, e frequenti fossero le punizioni ai patrizj, pure non v’ebbe chi acconsentisse a un tale eccesso. Volevasi bensì correggere chi avea esposto l’onore della Repubblica, ma non pareva cosa umana nè cittadinesca l’immolare ad un infame patibolo chi avea riportate tante vittorie, sottomesse più città e sostenute sin allora sì gloriosamente le armi della Repubblica. Dopo molto disputarsi, tramutossi dunque la sentenza in un anno di prigionia, in cinque di esclusione dai pubblici impieghi, e nel pagamento di una grossa ammenda.