Nondimeno mentre era assente, fu presentato al Senato un atto di accusa contro di lui con ottanta testimonj, che però non osarono di segnare il loro nome. L’atto fu accettato, malgrado le leggi che non permettevano di riceverne nessuno che fosse anonimo. Il Senato rimise agl’inquisitori di Stato la formazione del processo, dal quale ne risultò un’apologia amplissima delle sue virtù. Sdegnato il Senato delle atroci calunnie inventate contro un cittadino sì rispettabile, segnò ai 30 gennajo 1663 un decreto in memoria perpetua dell’innocenza di Francesco Morosini, e ad infamia eterna degli accusatori. Ecco un vero trionfo e per il Morosini e per la giustizia.
      La guerra di Candia attraeva gli sguardi e l’ammirazione di tutto il mondo sui Veneziani; ma però pesava assai sul cuore del governo, per la necessità di aggravare il popolo a fine di sostenerla, e sacrificar le vite de’ cittadini senza prò, conoscendo pur troppo esser dessa una febbre lenta, che conduce a tristo esito, ed intanto consuma. Ma che far si poteva? I Turchi proseguivano l’intrapresa con fermezza e violenza, fosse puntiglio, fosse vista di religione, fosse speranza di stancare il nemico, e di una volta trionfare. Dal canto suo la Repubblica pensava, che dopo tante vittorie vi andava del suo onore rinunziando ad un regno sì utile. Tanta ostinazione reciproca rese vane tutte le trattative di pace rinnovate le cento e cento volte durante la guerra. Furono però riprese nel 1665, ed il gran Visir teneva un certo linguaggio coll’ambasciatore di Venezia da far sperare che finalmente il sultano si renderebbe alla ragione.