Le qual cose tutte indussero il pontefice a dar orecchie a Cesare Fieramosca napolitano, il quale di nuovo venuto di Spagna, gli aveva portato una longa lettera di Cesare piena d'offerte; e fattogli fede che l'imperatore aveva sentito male l'ingresso de Colonnesi in Roma e che era desideroso di pace, indusse il pontefice a prestare orecchie ad una trattazione di tregua, la qual si sarebbe maneggiata tra lui et il vicerè di Napoli. E se ben nel marzo sopravenne un accidente d'apoplessia al capitano Giorgio Fransperg, che lo condusse quasi a morte, nondimeno, perché l'essercito era già entrato nello Stato ecclesiastico e tuttavia caminava, in fine del mese si risolse il papa di venir all'accordo, quantonque lo vedeva dover esser con grand'indignità et anco con dar sospezzione a' collegati e forse alienargli dalla sua difesa. Fu adonque stabilita la sospensione d'arme per otto mesi, pagando il pontefice sessanta mila scudi e concedendo assoluzione dalle censure a' Colonnesi e la restituzione della dignità al cardinale, al che condescese con estrema difficoltà.
      Ma la tregua, se ben conclusa col vicerè e seguita la esborsazione de' danari e la restituzione de' Colonnesi, non fu accettata dal duca di Borbone, il qual, seguitando il camino, il dí 5 maggio alloggiò appresso Roma, et il giorno seguente diede l'assalto dalla parte del Vaticano. Dove, quantonque i soldati del papa e la gioventú romana, massime della fazzione guelfa, s'opponesse nel principio arditamente, e Borbone restasse morto d'archibuggiata, nondimeno l'essercito entrò, fuggendo i defensori nel Borgo.