Il Mendozza, intesa la risposta, vedendo la risoluzione del pontefice, voleva allora allora protestare che l'adunanza di Bologna non era legitimo concilio e che, non rimettendolo la Santità Sua in Trento, sarebbe stata essa causa de tutti i mali evenimenti che fossero occorsi alla cristianità, e che in difetto suo Cesare, come protettore della Chiesa, averebbe proveduto; ma interponendosi il cardinale de Trani, decano del collegio, et alcuni altri cardinali, si contentò di referir questa risposta a Cesare et aspettare nuovo ordine da lui.
      Il pontefice, considerata l'azzione del Mendozza, giudicò che questo negozio potesse caminar in qualche disparer tra lui e l'imperatore, nel qual caso non gli pareva utile per sé aver i prelati di Germania mal disposti. Alla ricevuta della loro lettera, di cui s'è parlato, restò offeso per l'ultima particola, del pensar ad altri consegli e rimedii, avendola per una minaccia aperta, e deliberò di non dargli risposta alcuna, e restò in quel parere tre mesi; ora, meglio consegliato, dubitò che tenendosi sprezzati non venissero a qualche risoluzione precipitosa, la quale Cesare lasciasse correre per implicarlo in maggiore difficoltà: onde, risoluto di prevenir il male con onorargli di risposta, la ordinò molto modesta et arteficiosa, ancorché non senza risentimento conveniente alla dignità sua. Incomminciò la lettera dalla lode della loro pietà, quale appariva nella sollecitudine usata per rimediare alle eresie e sedizioni, affermando che d'altretanta egli ancora, per l'ufficio suo pastorale, resta assai occupato in maniera che mai ha lasciato, né lascia passar tempo senza pensar a qualche rimedio, e dal principio del ponteficato ricorse a quello che da loro è menzionato, cioè al concilio.